Le nouveau Turok, Joshua Fireseed, apparait par un portail face à une femme à la peau bleue appelée Adon. Elle explique qu'elle a été appelée par les Elders de la terre perdue, The Lazarus Concordance, pour détruire une puissante entité extraterrestre appelé le Primagen.
Le Primagen est une créature emprisonnée il y a bien longtemps dans l'épave de son vaisseau spatial après avoir essayé de conquérir la terre perdue. Il a été enfermé dans des ruines scellées avec cinq objets appelés Totems d'énergie. Maintenant, il a enrôlé plusieurs créatures afin d'essayer de détruire ces objets, sa propre armée de dinosaures artificiel s'assemble et d'autres créatures qu'il a achetées avec des promesses de fournir des armes ou des ressources lui obéissent.
La mission du Turok est donc de trouver les cinq totems, détruire toutes les forces qui s'opposent à lui, et détruire le Primagen lui-même pour éliminer toutes les menaces qui pèsent sur la terre perdue une bonne fois pour toutes. Dans les faits, il doit détruire les armées du Primagen et trouver les portails dans chaque niveau pour accéder aux chambres des Talisman pour acquérir d'anciens pouvoirs magiques.
Au cours du jeu, une entité mystérieuse qui se fait appeler Oblivion essaye de contrecarrer la quête de Turok en créant de faux portails des Chambres de Talisman qui mènent vers des secteurs peuplés par ses domestiques, les mangeurs de chair